As unidades podem ser configuradas com diferentes sistemas de arquivos e cada um deles tem prós e contras. Veja uma lista que inclui alguns desses prós e contras.
| Sistemas de arquivos | |||||
| NTFS | Apple File System (APFS) | MacOS Expandido Journaled (HFS+) | exFAT | FAT32 (MS-DOS) | |
| Pró(s): | Nativo do Windows | Nativo do macOS | Nativo do macOS | Pode ser usado entre Mac e Windows | Pode ser usado entre Mac e Windows |
| Oferece suporte a Journaling | Controla permissões | Oferece suporte a Journaling | Não é mais limitado a arquivos de 4 GB ou menos | ||
| Controla permissões | Sistema de arquivos padrão para Time Machine para macOS 11 Big Sur e posterior. | Controla permissões | |||
| Compatível com versões mais antigas do macOS 10.6 à atual. | |||||
| Sistema de arquivos padrão para Time Machine para macOS 10.15 Catalina e anterior. | |||||
| Contra(s): | Protegido contra gravação em sistemas operacionais Mac (Pode ser resolvido com driver NTFS) | Não monta em computador Windows | Não monta em computador Windows (Pode ser resolvido com driver HFS+) | Não vê bifurcações de recursos e dados corretamente (Possível risco quando alternar entre Mac e Windows) | Limite de tamanho de 4 GB para arquivos únicos |
| Não funciona com Time Machine | Não compatível com versões mais antigas de macOS. APFS não é compatível com macOS 10.12 ou anterior. | Quando usada com Time Machine a unidade fica protegida contra gravação (somente leitura). Confira mais informações neste artigo. | Não funciona com Histórico de arquivo ou Time Machine | Não vê bifurcações de recursos e dados corretamente (Possível risco quando alternar entre Mac e Windows) | |
| Quando usada com Time Machine a unidade fica somente leitura. | Requer driver para Windows XP | Não funciona com Histórico de arquivo ou Time Machine | |||
| Não rastreia as permissões de arquivo | Não rastreia as permissões de arquivo | ||||
