Un'azienda di genetica giapponese sceglie CORVAULT

Fondata a Yokohama, Giappone, nel 2016, GeneBay, Inc. (https://genebay.co.jp) utilizza teniche di sequenziamento e progettazione di nuova generazione per fornire analisi del genoma e trascrittoma all'avanguardia e sviluppare sistemi software correlati a questi tipi di analisi. GeneBay collabora inoltre con diverse società di sequenziamento, alcune delle quali molto note all'estero, per fornire servizi di analisi.

I clienti di GeneBay si concentrano nel mondo accademico, costituito principalmente da università e istituti di ricerca privati e pubblici. Forniscono analisi per la ricerca e lo sviluppo nel campo della medicina umana e della biologia. Negli ultimi tempi, nel settore si è assistito a una crescente richiesta di analisi del DNA di specie biologiche diverse dall'uomo, come piante, animali e pesci.

Sin dall'inizio GeneBay ha condotto ricerche sull'analisi secondaria e terziaria dei dati del sequenziatore, sviluppato database e realizzato sistemi per l'analisi. Continua ad aiutare i suoi clienti fornendo questi servizi, in tutti gli aspetti della ricerca biologica e oltre.

Kensaku Imai, COO di GeneBay

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Kensaku Imai, COO di GeneBay

GeneBay sapeva di dover gestire velocità di trasferimento dei dati in costante aumento per i servizi di analisi biologiche. Sebbene la soluzione di memorizzazione dei dati iniziale fosse diventata più difficile da gestire, si sono impegnati a soddisfare le esigenze specifiche di ciascun cliente. La loro sfida era trovare un'infrastruttura di memorizzazione in grado di fornire spazio, velocità e facilità d'uso sufficienti, mantenendo un budget adatto alle piccole e medie imprese.

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L'attività di GeneBay è in costante crescita dal 1996. Inizialmente hanno utilizzato sistemi di memorizzazione NAS installati dal proprio personale tecnico, iniziando con una singola unità e scalando progressivamente fino a raggiungere un totale di dieci unità. A quel punto, il personale considerava la configurazione difficile da gestire ed era scettico sul fatto che fosse possibile aggiungere spazio di memorizzazione sufficiente in tempo per gestire le crescenti esigenze di dati. 

Kensaku Imai, Chief Operating Officer di GeneBay, aveva accesso ai sistemi di memorizzazione di massa dalla sua precedente società, ma considerava molte opzioni troppo costose. Sebbene la velocità di accesso fosse importante, trovare una soluzione in grado di gestire i grandi volumi di dati dell'azienda era una priorità.

Per comprendere meglio le esigenze di memorizzazione dei dati delle analisi biologiche, Imai utilizza il DNA umano come esempio. La lettura di una sequenza di DNA umano ha in media 33 punti, o 3 GB, ma una maggiore precisione richiede più campioni, aumentando di conseguenza tali valori. Il metodo di analisi influisce anche sulla quantità di dati creati. L'uso del sequenziamento di lettura lungo per un campione di DNA umano produce circa 2 TB. Se il sistema GeneBay dovesse leggere 500 campioni per migliorare la precisione, la capacità di memorizzazione potrebbe facilmente raggiungere i petabyte.

Nonostante le diverse esigenze di campionamento dei clienti, il volume dei dati e la scala delle analisi hanno mostrato una crescita enorme negli ultimi due anni.

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“È difficile trovare una soluzione a basso costo”, afferma Imai. "È stato allora che mi sono imbattuto in Exos CORVAULT di Seagate, che sembrava in grado di memorizzare dati di grande capacità a basso costo". 

GeneBay ha collaborato con il fornitore a valore aggiunto ASK per determinare quali soluzioni di Seagate fossero adatte alle sue esigenze. I dirigenti dell'azienda volevano non solo una soluzione economica con grande capacità, ma anche un fornitore che li aiutasse a rientrare nei parametri previsti dal sistema fiscale giapponese per le piccole e medie imprese. Imai ha osservato che questo sistema offre a tali imprese un incentivo fiscale (deduzioni) quando investono in nuove apparecchiature che migliorano in media la produttività dell'1% all'anno rispetto al modello precedente, ad esempio in termini di efficienza di produzione, precisione o efficienza energetica. Per presentare domanda, i produttori devono rilasciare un certificato all'azienda prima di procedere all'acquisto, comprovando che l'apparecchiatura soddisfa i requisiti di miglioramento della produttività.

Il primo fornitore di tecnologia di GeneBay ha rifiutato di gestire tali richieste, facendo notare che il processo di richiesta era diventato più complesso. Seagate, tuttavia, ha accettato di aiutare GeneBay e ha supportato l'azienda nella richiesta di incentivo fiscale. Poiché l'iniziativa è in corso, Imai prevede di presentare nuovamente la richiesta di incentivi per l'acquisto di future soluzioni di Seagate.

Prima dell'acquisto, Imai conosceva il modello precedente di Exos CORVAULT dotato di tecnologia ADAPT (Autonomic Distributed Allocation Protection Technology) di Seagate. Nel corso del processo decisionale di GeneBay per l'acquisto, Imai ha notato con piacere che era disponibile una nuova generazione di Exos CORVAULT, che integrava la tecnologia ADAPT con funzionalità esclusive, semplici e relativamente economiche.

Il sistema Exos CORVAULT di Seagate ha contribuito a semplificare il flusso di lavoro dei dati di GeneBay. Innanzitutto, un sequenziatore del DNA collegato a un sistema NAS invia i dati alla rete da 10 GB di GeneBay per la memorizzazione. Una volta memorizzati i dati nella nuova infrastruttura CORVAULT, i server di analisi dedicati li interpretano e li preparano per la consegna al cliente finale tramite USB, unità disco esterne o cloud pubblico.

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Nei primi tre mesi di utilizzo di Exos CORVAULT, i dati di GeneBay hanno raggiunto 735 TB di capacità di memorizzazione. Il personale ora poteva affrontare "progetti particolarmente grandi che gestiscono enormi quantità di dati" in tutta tranquillità.

"Senza l'implementazione di CORVAULT, non saremmo stati in grado di affrontare questi progetti", ha affermato Imai.

Anche Imai e i suoi colleghi hanno apprezzato la rapidità di consegna delle soluzioni di Seagate. Il processo di implementazione ha richiesto solo sei mesi, con trattative che hanno avuto inizio in ottobre e la consegna dei prodotti a marzo. Il periodo intermedio ha consentito a GeneBay di richiedere con successo l'incentivo fiscale per le aziende di piccole e medie dimensioni. I responsabili hanno notato che il sistema Exos CORVAULT è "stabile, veloce e facile da gestire", tutti vantaggi importanti per le piccole e medie imprese con un numero limitato di risorse.

GeneBay ha inoltre raggiunto l'obiettivo iniziale di rispondere alla crescente domanda di dati e al volume di analisi richiesto da ciascun cliente. Senza un'infrastruttura adeguata, Imai ritiene che GeneBay avrebbe rifiutato accordi commerciali per un valore di decine di milioni di yen giapponesi negli ultimi tre mesi.

Imai desidera evitare l'esaurimento delle risorse di memorizzazione, indipendentemente dalla quantità di dati eliminati. Sebbene preveda che l'analisi dei dati di GeneBay continuerà a crescere, è riluttante ad aggiungere ulteriore capacità senza un piano d'azione più completo che tenga conto di fattori aggiuntivi come i costi dell'elettricità. Se, o quando, fosse necessario, Imai ha dichiarato che GeneBay avrebbe nuovamente preso in considerazione l'assistenza di Seagate.

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