Le unità possono essere configurate con vari file system e ciascun file system ha dei pro e dei contro. Segue una lista che include alcuni di questi pro e contro.
| File system | |||||
| NTFS | Apple File System (APFS) | MacOS esteso Journaled (HFS+) | exFAT | FAT32 (MS-DOS) | |
| Pro: | Nativo di Windows | Nativo di macOS | Nativo di macOS | Può essere utilizzato tra Mac e Windows | Può essere utilizzato tra Mac e Windows |
| Supporta il journaling | Tiene traccia delle autorizzazioni | Supporta il journaling | Non più limitato ai file della massima dimensione di 4 GB | ||
| Tiene traccia delle autorizzazioni | File system predefinito per Time Machine per macOS 11 Big Sur e versioni successive. | Tiene traccia delle autorizzazioni | |||
| Supportato su versioni precedenti di macOS 10.6 fino alla corrente. | |||||
| File system predefinito per Time Machine per macOS 10.15 Catalina e versioni precedenti. | |||||
| Contro: | Protetto da scrittura sui sistemi operativi Mac (può essere superato con il driver NTFS) | Non viene montato su un computer Windows | Non viene montato su un computer Windows (può essere risolto con il driver HFS+) | Non vede correttamente le risorse e i data fork (rischio potenziale quando si passa da Mac a Windows) | Limite di dimensione di 4 GB per file singoli |
| Non funziona con Time Machine | Non supportato su versioni precedenti di macOS. Il formato APFS non è supportato da macOS 10.12 o versioni precedenti. | Se utilizzata con Time Machine, l'unità diventa protetta da scrittura (sola lettura). Ulteriori informazioni sono disponibili in questo articolo. | Non funziona con Cronologia file o Time Machine | Non vede correttamente le risorse e i data fork (rischio potenziale quando si passa da Mac a Windows) | |
| Se utilizzata con Time Machine, l'unità diventa in sola lettura. | Richiede il driver per Windows XP | Non funziona con Cronologia file o Time Machine | |||
| Non tiene traccia delle autorizzazioni per i file | Non tiene traccia delle autorizzazioni per i file | ||||
